เมื่อวันที่ 1 กันยายน 2564 ผู้สื่อข่าวต่างประเทศรายงานว่า พบวัคซีนต้านโควิด-19 ของโมเดอร์นามีการปนเปื้อน ที่จังหวัดคานางาวะ ของประเทศญี่ปุ่น และได้สั่งระงับการใช้วัคซีนในล็อตที่พบการปนเปื้อนดังกล่าวแล้ว ในแถลงการณ์ของทางการคานางาวะระบุว่า เภสัชกรได้พบชิ้นส่วนสีดำหลายชิ้นในขวดบรรจุวัคซีน ระหว่างกำลังตรวจหาสิ่งปนเปื้อนก่อนที่จะมีการนำออกไปใช้งาน

ในขณะนี้บริษัทยาทาเคดะ ซึ่งเป็นตัวแทนจัดจำหน่ายวัคซีนโมเดอร์นาในญี่ปุ่นได้เก็บขวดวัคซีนที่ต้องสงสัยว่าปนเปื้อนไปแล้ว โดยทางการคานางาวะระบุว่า มีคนราว 3,790 คนที่ได้รับวัคซีนในล็อตเดียวกันนี้ไป 

ทั้งนี้ เมื่อสัปดาห์ก่อนญี่ปุ่นเพิ่งประกาศระงับการใช้งานวัคซีนโมเดอร์นา 1.63 ล้านโดส หลังพบการปนเปื้อน และในช่วงสุดสัปดาห์ที่ผ่านมา จ.โอกินาวาและกุนมะก็ได้ประกาศระงับการใช้งานวัคซีนโมเดอร์นาด้วยเหตุผลเดียวกัน ก่อนจะเกิดเหตุซ้ำอีกครั้งที่ จ.คานางาวะ

บริษัทโมเดอร์นาและบริษัทยา Rovi ในสเปนที่บรรจุวัคซีนใส่ขวดชี้แจงว่า สาเหตุของสิ่งปนเปื้อนมาจากกระบวนการการผลิต ขณะที่หน่วยงานควบคุมด้านความปลอดภัยของยุโรปกำลังสอบสวนกรณีดังกล่าว ส่วนทางด้านบริษัทโมเดอร์นาย้ำว่า ไม่พบว่ามีผลกระทบด้านความปลอดภัยของวัคซีนจากกรณีที่เกิดขึ้น