วันที่ 11 ก.ค. 64 ผู้สื่อข่าวรายงานว่า นายพชร อนันตศิลป์ อธิบดีกรมศุลกากร เปิดเผยว่า ขอยืนยันว่ากรมศุลฯ ไม่ได้มีการเรียกเก็บภาษีนำเข้าวัคซีนทุกประเภทตามที่มีกระแสข่าวตามสื่อสังคมออนไลน์ โดยปัจจุบันการนำเข้าวัคซีนและอุปกรณ์การแพทย์ต่างๆ ได้รับการยกเว้นการเก็บภาษีนำเข้าให้เหลือ 0% ทั้งหมดอยู่แล้ว จะเหลือเพียงแค่เก็บภาษีมูลค่าเพิ่ม (แวต) ที่ 7% เพียงอย่างเดียว ดังนั้นข่าวลือที่ออกมาว่ารัฐบาลมีการเรียกเก็บภาษีวัคซีนโมเดอร์นารวมแล้วสูงนับร้อยเปอร์เซนต์จึงไม่เป็นความจริง

ทั้งนี้ คณะรัฐมนตรี ได้มติเห็นชอบให้ขยายเวลายกเว้นอากรศุลกากรสำหรับของที่นำเข้ามาใช้ในการรักษา วินิจฉัย หรือป้องกันโรคติดเชื้อไวรัสโควิด-19 ตามรายการที่กระทรวงสาธารณสุขกำหนด เพื่อดูแลและเยียวยาผลกระทบจากการแพร่ระบาดของโควิด-19 ซึ่งจะทำให้ไม่ต้องเสียอากรนำเข้าจนถึงเดือนมี.ค.65 แต่ยังคงต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มอยู่

รายงานข่าวจากกรมสรรพากร ระบุว่า กระแสข่าวการเก็บภาษีมูลค่าเพิ่มการนำเข้าวัคซีนทางเลือกของบริษัทเอกชน ถึง 2 เด้ง รวมเป็น 14% นั้นไม่ใช่ความจริง และเป็นการเข้าใจที่คลาดเคลื่อน เพราะข้อเท็จจริงการเก็บภาษีมูลค่าเพิ่มสามารถใช้ภาษีขายมาหักภาษีซื้อได้ โดยหากผู้นำเข้าวัคซีนนำเข้าวัคซีนมาในราคา 100 บาท มีภาษีมูลค่าเพิ่มจากการนำเข้า 7% คิดเป็นภาษีซื้อ 7 บาท ซึ่งในส่วนนี้สามารถขอคืนหรือเอาไปหักออกจากภาษีขายได้ด้วย ดังนั้นหากนำเข้ามาแล้ว ขายต่อโดยไม่คิดกำไร ก็จะขอคืนแวทได้ทั้งหมด แต่หากนำเข้ามาแล้วขายทำกำไรก็จะเสียภาษีมูลค่าเพิ่มเฉพาะส่วนต่างกำไรที่เกิดขึ้น ยกตัวอย่างเช่น ผู้นำเข้าวัคซีนได้นำเข้าวัคซีนมาในราคา 100 บาท มีภาษีมูลค่าเพิ่มจากการนำเข้า 7% คิดเป็นภาษีซื้อ 7 บาท ซึ่งในส่วนของภาษีซื้อนี้ สามารถขอคืนหรือเอาไปหักออกจากภาษีขายได้ ดังนั้นเมื่อผู้นำเข้าขายวัคซีนออกไปในราคา 100 บาทเช่นกันโดยไม่มีการคิดกำไรเพิ่ม ก็จะเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม หรือภาษีขายที่ 7% หรือ 7 บาท ซึ่งเมื่อนำมาคำนวณตามหลักภาษีมูลค่าเพิ่ม คือภาษีขาย 7 บาท หักด้วยภาษีซื้อ 7 บาท จะเท่ากับ 0 บาท ดังนั้น ข่าวที่ว่าเสียภาษี 2 เด้ง ภาษีซื้อ 7 บาท บวกภาษีขายอีก 7 บาท รวมเป็น 14 บาท จึงไม่ถูกต้อง