เมื่อวันที่ 5 สิงหาคม 2563 ผู้สื่อข่าวรายงานว่า ศาลปกครองกลางมีคำพิพากษาเพิกถอนคำสั่งกระทรวงการคลัง ที่กำหนดให้กองทุนส่งเสริมและพัฒนาคุณภาพชีวิตคนพิการนำเงินส่งคลังเป็นรายได้ของแผ่นดินเฉพาะส่วนที่เกินกว่า 1,000 ล้านบาท 

สืบเนื่องมาจาก สมาคมสภาคนพิการทุกประเภทแห่งประเทศไทย ยื่นฟ้องกระทรวงการคลัง กรมส่งเสริมและพัฒนาคุณภาพชีวิตคนพิการ เพื่อขอให้ศาลสั่งเพิกถอนคำสั่งดังกล่าว เนื่องจากทางสมาคมฯ เห็นว่า เงินกองทุนไม่มีสภาพคล่องส่วนที่เกินความจำเป็น ทั้งยังมีแนวโน้มลดลงและไม่เพียงพอต่อการพัฒนาคุณภาพชีวิตคนพิการ ดังนั้นแม้กระทรวงการคลังจะมีคำสั่งลดยอดเงินส่วนที่เกินความจำเป็นของทุนหมุนเวียนของกองทุนส่งเสริมและพัฒนาคุณภาพชีวิตที่ต้องนำส่งจากจำนวน 2,000 ล้านบาท มาเหลือ 1,000 ล้านบาท สมาคมฯ ก็ไม่เห็นด้วยจึงได้ยื่นฟ้องต่อศาลปกครอง

ส่วนเหตุผลที่ศาลปกครองมีคำพิพากษาเพิกถอนคำ สั่งกระทรวงคลังระบุว่า ขณะที่กระทรวงการคลังมีคำสั่งดังกล่าวนั้น ยังไม่ได้มีการตราพระราชกฤษฎีกาว่าด้วยการกำหนดจำนวนเงินสะสมสูงสุดและการนำทุน หรือผลกำไรส่วนเกินของทุนหมุนเวียนส่งคลังเป็นรายได้แผ่นดิน ทั้งไม่ปรากฎว่ามีกฎหมายลำดับรองกำหนดหลักเกณฑ์กรณีดังกล่าวไว้โดยเฉพาะ อีกทั้งยังมีข้อเท็จจริงตามคำให้การของกรมส่งเสริมและพัฒนาคุณภาพชีวิตคนพิการว่า หากกองทุนฯนำเงินส่งคลั่งเป็นรายได้แผ่นดินเกินกว่า 1,000 ล้านบาท จะส่งผลกระทบต่อสภาพคล่องของกองทุนฯ และเมื่อเงินที่เกินกว่าสภาพคล่องของกองทุน
 

โดยปลัดกระทรวงการคลังมีคำสั่งเรียกให้กองทุนฯนำเงินสภาพคล่องส่วนที่เกินความจำเป็นของกองทุนหมุนเวียนส่งคลังเป็นรายได้แผ่นดินจำนวน 2,000 ล้านบาท ย่อมทำให้คนพิการและองค์กรคนพิการอาจต้องสูญเสียจากการขาดสภาพคล่องของกองทุน ซึ่งส่งผลกระทบต่อการดำเนินงานตามวัตถุประสงค์ของกองทุน ไม่ว่าจะเป็นการสนับสนุนให้มีพื้นที่ในการปฏิบัติงานของศูนย์บริการคนพิการระดับจังหวัด สนับสนุนการ ดำเนินงานของศูนย์บริการคนพิการทั่วไป ตลอดจนภารกิจตามแผนยุทธศาสตร์ของกองทุน ส่งผลกระทบต่อกองทุนฯเกินกว่าจะคาดหมายได้ 

ดังนั้น การที่กระทรวงคลังโดยปลัดกระทรวงคลัง มีคำสั่งกำหนดให้กองทุนฯนำเงินส่งคลังเป็นรายได้ของแผ่นดินเฉพาะส่วนที่เกินกว่า 1,000 ล้านบาท จึงเป็นการใช้ดุลพินิจโดยมิชอบ และเป็นคำสั่งไม่ชอบด้วย กฎหมายจำนวนไม่เกินกว่า 1,000 ล้านบาท