พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ทรงสถาปนามหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยขึ้น โดยให้ย้ายการสอนพระปริยัติธรรมจากศาลาบอกพระปริยัติธรรมภายในวัดพระศรีรัตนศาสดารามไปตั้งที่วัดมหาธาตุ เพื่อเป็นที่เล่าเรียนของพระสงฆ์ฝ่ายมหานิกายและคฤหัสถ์ เมื่อ พ.ศ.๒๔๓๐ และโปรดให้เรียกว่า มหาธาตุวิทยาลัย มหาธาตุวิทยาลัยได้เปิดทำการสอนเป็นทางการ เมื่อวันที่ ๘ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๔๓๒ และมีพระบรมราชโองการเปลี่ยนนามใหม่ว่า “มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย” เมื่อ วันที่ ๑๓ กันยายน พ.ศ. ๒๔๓๙ โดยมีพระราชประสงค์จะให้เป็นอนุสรณ์เฉลิมพระเกียรติยศของพระองค์สืบไป ตามประกาศพระราชปรารภในการก่อพระฤกษ์สังฆเสนาสน์ราชวิทยาลัย ร.ศ. ๑๑๕ (พ.ศ. ๒๔๓๙) ความตอนหนึ่งว่า

"จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ตั้งวิทยาลัยที่เล่าเรียนพระไตรปิฎกแลวิชาชั้นสูงขึ้น ๒ สถานๆ หนึ่งเป็นที่เล่าเรียนของพระสงฆ์ฝ่ายธรรมยุติกนิกาย ได้ตั้งไว้ที่วัดบวรนิเวศวรวิหาร พระอารามหลวง พระราชทานนามว่า มหามกุฎราชวิทยาลัย ...อีกสถานหนึ่งเป็นที่เล่าเรียนของพระสงฆ์ฝ่ายมหานิกาย ได้ตั้งไว้ที่วัดมหาธาตุ ราชวรมหาวิหาร พระอารามหลวงนี้ มีนามว่ามหาธาตุวิทยาลัย ได้เปิดการเล่าเรียนแต่วันที่ ๘ พฤศจิกายน รัตนโกสินทร์ ศก ๑๐๘ สืบมา แต่สังฆิกเสนาสน์สำหรับมหาธาตุวิทยาลัยนี้ยังไม่เป็นที่สมควรแก่การเล่าเรียน... เมื่อการบำเพ็ญพระราชกุศส่วนนั้นเสร็จแล้วจะได้ทรงพระราชอุทิศถวายถาวรวัตถุนี้เป็นสังฆิกเสนาสน์สำหรับมหาธาตุวิทยาลัย เพื่อเป็นที่เล่าเรียนพระปริยัติสัทธรรมแลวิชาชั้นสูงสืบไปภายหน้า พระราชทานเปลี่ยนนามใหม่ว่า มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เพื่อให้เป็นที่เฉลิมพระเกียรติยศสืบไป..."

ในวันที่ ๒๑ กันยายน พ.ศ.๒๕๔๐ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชฯ ได้ทรงลงพระปรามาภิไธยในพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ คือ พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย พ.ศ.๒๕๔๐ และพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย พ.ศ.๒๕๔๐ และพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา (ฉบับที่ ๒) พ.ศ.๒๕๔๐ โดยให้มหาวิทยาลัยเป็นมหาวิทยาลัยของรัฐ

วันที่ ๒๐ พฤษภาคม พุทธศักราช ๒๕๔๒ นายแพทย์รัศมี คุณหญิงสมปอง วรรณิสสรได้ถวายที่ดินจำนวน ๘๔ ไร่ ๑ งาน ๓๗ ตารางวา ที่ตำบลลำไทร อำเภอวังน้อย จังหวัดพระนครศรีอยุธยาแก่มหาวิทยาลัย รวมกับที่ดินที่มหาวิทยาลัยได้ดำเนินการจัดซื้อเพิ่มเติม ปัจจุบันมีเนื้อที่ทั้งหมด ๓๒๓ ไร่
หลังจากนั้น ในวันที่ ๙ กรกฎาคม พุทธศักราช ๒๕๔๒ คณะผู้บริหารมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้เข้าเฝ้าพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว (รัชกาลปัจจุบัน) ทูลเกล้าถวายโฉนดที่ดินทั้ง ๒ แปลงเพื่อพระราชทานแก่มหาวิทยาลัย

ต่อมา ในวันที่ ๑๓ ธันวาคม พุทธศักราช ๒๕๔๒ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว(รัชกาลปัจจุบัน) เสด็จพระราชดำเนินประกอบพิธีวางศิลาฤกษ์โครงการก่อสร้างมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ณ ตำบลลำไทร อำเภอวังน้อย จังหวัดพระนครศรีอยุธยา โดยทรงวางศิลาฤกษ์อาคารสำนักงานอธิการบดีจนกระทั่ง ในวันที่ ๑ ตุลาคม พุทธศักราช ๒๕๕๑ มหาวิทยาลัยได้ย้ายที่ทำการจากวัดมหาธาตุและวัดศรีสุดาราม กรุงเทพมหานคร มายังที่ทำการแห่งใหม่ ณ กิโลเมตรที่ ๕๕ ถนนพหลโยธิน ตำบลลำไทร อำเภอวังน้อย จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ในที่สุด วันที่ ๓ ธันวาคม พุทธศักราช พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวได้เสด็จพระราชดำเนินทรงประกอบพิธีเปิดป้ายหอประชุม มวก ๔๘ พรรษา และเปิดป้ายมหาวิทยาลัยอย่างเป็นทางการ ฯ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยได้พัฒนาการเรียนการสอนและการบริหารภายในองค์กรให้เขัาสู่ระบบสากลเพื่อผลิตบัณฑิตออกไปรับใช้พระพุทธศาสนา พัฒนาสังคมและประเทศชาติอย่างมีคุณภาพ “มหาวิทยาลัยที่จัดการศึกษาพระพุทธศาสนาบูรณาการ กับศาสตร์สมัยใหม่ และสร้างพุทธนวัตกรรมเพื่อพัฒนาจิตใจและสังคม”
The University provides Buddhist Studies integrated with modern sciences and creates Buddhist Innovation for the Development of Mentality and Society